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生物の全系統の系統樹まとめ


生物の系統樹とは進化の系譜に基づいて生物の種や分類群を樹形図にまとめた表である。 理科の教科書ではおなじみであるが、哺乳類、爬虫類、……くらいまでは載っていっても細かいところ な載っていないことが多い。逆に各分野の専門書では関心のある群の周辺は詳しく記述されているが、 全体観をつかむことはできない。
趣味生物ファンとしては全体を俯瞰しつつ興味が湧いたところに自由に潜っていきたいものだ。 そこで系統樹全体をマージして一つのでかい木にしたものをまとめてみた。

データのソースはWikipedia日本語版の生物系ページの分類テーブル(図)をwikiダンプデータから 収集したものである。 分類テーブルのあるページは生物の分類群に対応したものとみなし収集していったところ、 27,000ほどのノードが得られた。これを分類テーブルのエントリを見て木構造につなげていく Pythonのコードを作成した。 一つの親ノードの下の子ノードは名前順にソートしてあり、系統上の近さなどは表示に反映されていない。

図:Wikipedia分類テーブルの例、これを解析・集計した

しかしざっと見ただけでも表記ゆれ・誤記・学説による分類のブレが見受けられ、 これが自動的に木構造へまとめるアルゴリズムを妨げている。 正確性・網羅性ともに疑問があるので参考程度に留められたい。

描画にはApache EChartsを用いており、木の展開がインタラクティブに可能である。 開きすぎると重くなったり、画面からはみ出たりするのでその時はページごとリロードしていただきたい。

更新履歴:
  • 2025/08/08: 暫定版を公開・まだ正規化漏れがひどいがまずは公開

系統樹の可視化